El Ministerio de Salud cuenta con un Programa de Salud y Pueblos indígenas que se realiza en 22 Servicios de Salud de las zonas de mayor concentración de población indígena.
Entre 2001 y 2005 este programa ha invertido algo mas de 3 mil 700 millones de pesos
Destaca en esta línea la Dictación de dos decretos en el marco de la reforma al sistema de salud publica que favorecen la cooperación y la interculturalidad: Reglamento del Ministerio de Salud (21.04.05) y Reglamento Orgánico de los Servicios de Salud (21.04.05)
